Революционер-большевик, врач, прадед драматурга Л.С. Петрушевской. В 1880-х годах участвовал на юге в народовольческом движении; работал на заводе в Екатеринославе; поступил в Московский университет, участвовал в студенческом движении, в студенческих волнениях в марте 1890 года, неоднократно высылался из Москвы; учился в Киевском, а затем Казанском университетах, позже вернулся в Московский университет. В 1898 г. окончил медицинский факультет. Работал врачом на фабриках в разных городах, вёл революционную пропаганду. Позже перешёл с народовольческих на ортодоксально-марксистские позиции. В годы Первой мировой войны - врач в войсках до самой Февральской революции. Участник Октябрьской революции. В годы гражданской войны - командир корпуса Красной Армии, воевал на Туркестанском и Южном фронтах. После войны был председателем Госстраха, директором огнеупорно-керамического треста в Москве; позже - директором Всесоюзного института сложных фундаментов и материалов. В годы сталинских репрессий боролся за права узников ГУЛАГа, поскольку в 1938 г. были расстреляны его сын Евгений и дочь Елена, была репрессирована дочь Раиса. Является отцом
В.И. Вегера.
И.С. Вегер трагически погиб в 1948 г. - его сбила машина. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (4 уч. 38 ряд). С ним похоронены его сын и две дочери.