Генерал-полковник медицинской службы (1943), академик АМН (1948), Герой Социалистического Труда (1978). В 1939-1947 и в 1955-1960 годы - начальник Главного военно-санитарного, затем Главного военно-медицинского управления. В 1947-1953 г. - министр здравоохранения СССР.
С ноября 1960 г. - начальник управления министерства обороны СССР.
Теоретически обосновал и ввёл в практику систему специализированной медицинской помощи раненым и больным, что обеспечило возвращение в строй 73% раненых и свыше 90% больных. Имеет государственные награды.
Скончался Е.И. Смирнов в 1989 году, похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (11 уч. 1 ряд).