Писатель, автор рассказов, повестей, романов, посвящённых главным образом Сибири. Самые значительные - роман "Угрюм-река" (1933) и историческая эпопея "Емельян Пугачев" (1938-1945), за которую в 1946 г. (посмертно) писатель был удостоен Сталинской премии. Другие заметные
произведения - рассказы: "Краля" (1913), "Ванька Хлюст" (1914), "Та сторона" (1915), "Алые сугробы" (1926), "Дивное море" (1934) и др.; повести: "Тайга" (1916), "Ватага" (1923), "Пейпус-озеро" (1925)... Известно также, что в 1894-1915 г. В.Я. Шишков работал инженером в Управлении Томского округа путей сообщения, участвовал в геодезических экспедициях. Обследовал многие сибирские реки. Особое значение имели работы по исследованию реки Бии. Благодаря разработанному В.Я. Шишковым проекту был создан знаменитый Чуйский тракт.
Скончался В.Я. Шишков 6 марта 1945 года, похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (2 уч. 30 ряд).