Народоволец. Неоднократно подвергался арестам и ссылкам в связи с революционной деятельностью. За организацию "летучих типографий" в Санкт-Петербурге и Киеве был приговорен в 1884 году к 12 годам каторжных работ. До 1896 г. был узником Шлиссельбургской крепости.
С 1896 по 1906 г. находился на поселении в Якутии. В 1911-1918 г. член партии эсеров. С 1922 г. заведующий музеем
П.А. Кропоткина в Москве, член Всесоюзного общества бывших политкаторжан. Автор мемуаров "Клочки воспоминаний (1935).
Скончался М.П. Шебалин 24 февраля 1937 года, похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (1 уч. 47 ряд).