Военачальник. Генерал-полковник (1954). В Красной армии с 1918 г. Участник гражданской войны (1918-1921), Советско-польской войны (1921). Участвовал в подавлении Кронштадтского мятежа (1921). После войны служил военным комиссаром, учился на Стрелково-тактических курсах, был заместителем начальника штаба 13-го стрелкового корпуса. После окончания в 1936 г. Восточного факультета Военной академии РККА им. М.В. Фрунзе служил в Разведуправлении РККА на разных должностях, был военным атташе в Токио (Япония). В годы Великой Отечественной войны участник Московской и Ржевской битв, Смоленского оборонительного сражения. С 1943 г. - начальник штаба 1-й гвардейской танковой армии. Участник Курской битвы, многих наступательных операций. После войны начальник Военно-дипломатической академии (1946-1949). С 1949 г. - начальник 1-го Управления - заместитель начальника Главного разведывательного управления Генштаба ВС СССР. С июня 1951 г. - первый заместитель начальника ГРУ Генштаба ВС СССР. Участник Корейской войны (1952). В 1952-1958 гг. - начальник Главного разведывательного управления Генерального Штаба Советской Армии. Имеет многочисленные государственные награды.
Скончался М.А. Шалин 20 февраля 1970 года, похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (7 уч. 12 ряд), рядом с ним похоронены его близкие.