Хирург, крупный специалист по вопросам гнойной хирургии и лечения ран. В 1943 г. впервые в СССР стал применять пенициллин для лечения раненых. В 1956 г. на базе больницы имени С.П. Боткина организовал лабораторию по клинической апробации антибиотиков. Автор больше 100 печатных работ (в том числе 4 монографии), посвященных заболеваниям печени, желчных путей, поджелудочной железы, кишечной непроходимости, лечению ран и сепсиса, экспертизе трудоспособности при хирургических заболеваниях. Автор выдержавшего несколько переизданий учебника "Общая хирургия" (1940).
Заслуженный деятель науки РСФСР (1940), Академик Академии медицинских наук СССР (1944), профессор. Имеет государственные награды.
Скончался И.Г. Руфанов 15 июня 1964 года, похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (6 уч. 7 ряд), рядом с ним похоронены супруга и сын.