Учёный в области аграрной политики и экономики агропромышленного комплекса, государственный деятель.
Работал на ответственных постах в партийных и государственных органах Латвийской ССР. Участник Великой Отечественной войны. В 1946–1951 гг. был Секретарём ЦК КП Латвии; в 1951–1961 гг. - министром сельского хозяйства Латвийской ССР; в 1963–1978 гг. - директором Ставропольского НИИ сельского хозяйства.
Доктор экономических наук (1974), профессор (1976). В 1978-1982 гг. - академик, секретарь Отделения экономики ВАСХНИЛ; в 1982-1984 гг. - первый вице-президент, а с 1984-1992 гг. - президент ВАСХНИЛ. С 1990 г. и до конца своих дней - директор Аграрного института.
Разрабатывал методологию устойчивого ведения сельского хозяйства в современных условиях. Внёс значительный вклад в организацию деятельности экспериментальных агропромышленных формирований и распространение прогрессивных форм организации труда. Автор более 300 научных трудов. Заслуженный деятель науки РСФСР (1978). Имеет государственные награды.
Скончался А.А. Никонов 5 октября 1995 года, похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (10 уч. 9 ряд).