Геолог, тектонист, доктор геолого-минералогических наук (1965), профессор (1967), академик РАН (1992). Сын профессора геологии Е.В. Милановского.
Сфера научных интересов: геотектоника, историческая и региональная геология, неотектоника, геоморфология, вулканология, четвертичная геология, сравнительная планетология и история геологии.
Проводил научные исследования на Кавказе, Карпатах, Урале, в Казахстане; участвовал в работах экспедиций АН СССР в Восточной Африке и Исландии; совершил маршрутные исследования в Динаридах, Центральных Андах и других областях зарубежных стран и Советского Союза.
Составил первую детальную неотектоническую карту Кавказа и дал всестороннюю характеристику новейшей тектоники Кавказского региона. Разработал новую схему тектонического районирования Северной Евразии. Ввёл в тектонику представление о шовных зонах, сформулировал закономерности их строения и развития. Автор более 360 научных работ; был членом многих научных сообществ, в том числе и зарубежных. Имеет государственные награды.
Скончался Е.Е. Милановский 11 февраля 2012 года, похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (6 уч. 10 ряд, 1 могила), рядом с
Н.Н. Еланским.