Генерал-лейтенант артиллерии (1940). Участник Первой мировой войны. В Красную армию вступил в 1918 г. В годы Гражданской войны был завхозом 1-го артиллерийского дивизиона 52-й стрелковой дивизии; с февраля 1922 г. - делопроизводитель штаба Московского военного округа; в дальнейшем на командных должностях в войсках. С января 1937 г. - старший инспектор управления начальника артиллерии РККА. С 1939 г. начальник Управления боевой подготовки артиллерии РККА.
Скончался С.А. Лебедев 2 ноября 1940 года, похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (3 уч. 9 ряд), рядом с ним похоронена жена.