Историк, археограф и источниковед, член-корреспондент Академии наук СССР (1929).
Доктор исторических наук (1943). Более 30 лет работал в Московском Главном архиве Министерства иностранных дел. В 1909 г. стал соучредителем общества "Старая Москва". В 1910 г. участвовал в подготовке и издании труда - "Москва в её прошлом и настоящем". В 1922-1924 гг. - профессор кафедры архивоведения МГУ им. М.Н. Покровского и одновременно (до 1926 г.) - эксперт Наркомата иностранных дел СССР. В 1931 г. арестован по "делу академика Платонова". После освобождения в 1933 г., работал нештатным сотрудником Комиссии по транскрипции при Главном картографическом управлении. С 1939 г. - старший научный сотрудник Института истории АН СССР.
Автор научных трудов:
"Некоторые статистические данные по истории русского города XVII столетия" (1898),
"Управление Москвой в XVI-XVII вв." (1910),
"Войско в Москве в XVI-XVII вв." (1910) и др.
Скончался С.К. Богоявленский 31 августа 1947 года, похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве (4 уч., 35 ряд), рядом с ним похоронены:
его жена,
Богоявленская Мария Михайловна (1871-1949) - пианистка;
его сын,
Богоявленский Михаил Сергеевич (1907-1986) - металлург, кандидат технических наук;
жена сына,
Богоявленская Елизавета Николаевна (1908-1971).